In philippinischen Schulen sind Klassengrößen von bis zu 60 Schülern alltäglich, somit besteht im schulischen Alltag keine Möglichkeit einer individuellen Betreuung. Für viele Familien sind die verpflichtende Schuluniform, die Verpflegung der Kinder sowie der Transport in die Schule weitere finanzielle Probleme. Auch ausbleibender Lernerfolg stellt bei schlecht gestellten Familien die Sinnhaftigkeit der Schulbildung ihrer Kinder in Frage. Wegen dieser Umstände entschlossen sich Schwester Felicitas und Schwester La Salle 1993 eine eigene Schule zu eröffnen. Zu Beginn gab es zwei Lehrerinnen, die eine Kindergartenklasse und zwei Grundschulklassen unterrichteten. Heute erhalten die Kinder des Heimes eine Schulbildung ab dem Kindergarten, gefolgt von sechs Jahren Elementary (Grundschule) und danach sechs Jahren High School. Ein solcher Abschluss ermöglicht eine universitäre Ausbildung. Über 600 Schüler besuchen aktuell die Schule und über 30 Lehrer sind angestellt. Es findet neben klassischem Unterricht viel praxisbezogenes Lernen statt. So lernen alle Kinder im Fatima Center zu kochen; Schweine, Ziegen und Geflügel zu halten; Reis, Gemüse und Obst anzubauen und zu ernten. Die Entwicklung zur Selbständigkeit und ein achtvolles Miteinander, Gastfreundschaft, sowie gelebte Nächstenliebe und der christliche Glaube stehen im Mittelpunkt des alltäglichen Lebens im Fatima Center.